Napoléon Bonaparte là con thứ hai trong một gia đình có tám người con, ra đời tại dinh thự Casa Buonaparte ở thị trấn Ajaccio, đảo Corse vào ngày 15 Tháng 8 năm 1769, một năm sau khi hòn đảo này được Cộng hòa Genova chuyển giao cho Pháp[14]. Ông được đặt tên thánh là Napoleone di Buonaparte, theo tên một người chú (trước đó ông bà Bonaparte đã có một con trai đặt tên Napoleone nhưng đã mất sớm). Vào tuổi hai mươi, ông lấy tên là Napoléon Bonaparte cho có vẻ Pháp hơn[15][chú thích 2].

Dòng họ Bonaparte ở Corse bắt nguồn từ giới quý tộc nhỏ Ý ở Lombardia[16][17], những người đã đến Corse từ Liguria từ thế kỷ XVI[18]. Cha của ông là Nobile Carlo Buonaparte, một luật sư, từng được chỉ định làm đại diện của đảo Corse đối với triều đình vua Louis XVI. Người có ảnh hưởng quyết định trong thời thơ ấu của Napoléon là mẹ ông, Letizia Ramolino, kỉ luật nghiêm khắc của bà đã kiềm chế đứa bé ngỗ nghịch[19].

Ông có một anh trai Joseph và sáu người em là Lucien, Elisa, Louis, Pauline, Caroline và Jérôme. Có hai đứa trẻ khác, một trai một gái được sinh trước Joseph nhưng chết yểu[20]. Napoléon được rửa tội như một người Công giáo ngay trước sinh nhật hai tuổi của mình, vào ngày 21 tháng 7 năm 1771 tại nhà thờ Ajaccio[21].

Nền tảng quý tộc và tương đối khá giả cùng các mối quan hệ của gia đình giúp Napoléon có cơ hội học tập lớn hơn nhiều so với một người Corse thông thường thời đó[22]. Tháng Một năm 1779, Napoléon đã ghi danh vào một trường tôn giáo ở Autun trên đất liền để học tiếng Pháp. Đến tháng Năm, ông được nhận vào một học viện quân sự tại Brienne-le-Château[23]. Ông nói giọng Corse và không thể đánh vần đúng cách[24], điều khiến ông bị bạn bè trêu chọc và do đó chuyên tâm vào việc đọc[25]. Nhưng một viên giám thị quan sát thấy Napoléon "luôn luôn nổi trội trong sự chăm chú đối với toán học. Anh tương đối thuần thục với lịch sử và địa lý... Chàng trai này sẽ làm nên một thủy thủ xuất sắc"[26][chú thích 3]. Khi hoàn thành việc học ở Brienne năm 1784, Napoléon được nhận vào trường quân sự danh tiếng École Militaire ở Paris. Điều này đã kết thúc tham vọng hải quân từng khiến ông cân nhắc một đơn xin vào Hải quân Hoàng gia Anh[28]. Ông được đào tạo để trở thành một sĩ quan pháo binh và, khi cái chết của người cha làm giảm thu nhập, đã buộc phải hoàn thành khóa học hai năm trong một năm[29]. Ông là người Corse đầu tiên tốt nghiệp từ École Militaire[29]. Ông được sát hạch bởi nhà khoa học nổi tiếng Pierre-Simon Laplace, người sau này Napoléon bổ nhiệm vào Thượng viện[30].